Ich vermute mal das es an der Anzahl der Fahrzeuge, Linien, Gebäude, Städte, Fabriken, etc. liegt.
Mit der Zeit hat der Rechner immer mehr zu berechen. Es könnte helfen den Stadtverkehr auf 0 zu stellen und random_pedestrians = 1 in der simuconf.tab.
Außerdem könntest du noch versuchen im Vollbildmodus zu spielen. Manchmal bringt das etwas.
Was etwas bringen kann: Random pedestrian aus, Tag und Nacht-Modus aus, Reinzoomen (vergrößern).
Ansonsten leigt es schlicht daran, dass zuviel zu berechnen ist. Bei jeder Änderung des Liniennetzes (d.h. Fahrplan-, Linienänderung, Fahrzeug zu Linie dazu, Bahnhofsfläche verändert, neue Station, neue Fabriken u.a.) müssen auch die internen Verknüpfungen neu berechnet werden, das dauert auch bei hunderten von Station meherer 10 Sekunden, danach geht die Rate etwas hoch.
Auch sollte das neuste Nightly vielleicht etwas Rechenzeitfreundlicher sein.